Edhy Prabowo dikenal kedekatan temannya dengan Ketua Umum DPP Partai Gerindra, Prabowo Subianto, yang pada saat itu berpangkat Letkol dan menjadi pejabat Dangrup II TNI AD.

Edhy memulai karier politiknya di 2005 dengan aktif berorganisasi di Himpunan Kerukunan Tani Indonesia (HKTI) dan menjabat sebagai Ketua Bidang Pendidikan dan Pelatihan HKTI. Pada tahun 2007, Edhy kemudian mendirikan perusahaan jasa keamaanan, PT Garuda Security Nusantara dan menjabat menjadi Presiden Direktur dan menjadi Komisaris di PT Kiani Lestari Jakarta, perusahaan kertas milik Ketua Umum DPP Gerindra, Prabowo Subianto.

Edhy Prabowo dipercaya menjadi Wakil Ketua Umum Bidang Keuangan dan Pembangunan Nasional DPP Partai Gerindra (2012 - sekarang).

Edhy Prabowo dilantik menjadi Menteri Kelautan dan Perikanan oleh Presiden Jokowi Widodo pada tanggal 23 Oktober 2019.